Wenn sich ein Benutzer anmeldet, erfolgt die Beglaubigung beim iFolder-Server. Hierzu werden der Benutzername und das Passwort verschlüsselt über eine Internetverbindung vom iFolder-Client an den iFolder-Server gesendet. Der iFolder stellt anhand dieser Informationen fest, ob der Benutzer existiert, und prüft dann, ob das Benutzerobjekt in der iFolder-Verwaltungskonsole für die Verwendung von iFolder aktiviert wurde. Nach Aktivierung des Benutzerobjekts muss auf dem iFolder-Server ein Benutzerkonto erstellt werden, bevor der Benutzer iFolder auf seiner lokalen Arbeitsstation verwenden kann. Dies geschieht, wenn sich der Benutzer das erste Mal über den iFolder-Client beim iFolder-Server anmeldet. Nach Erstellung des Benutzerkontos kann dieses über die iFolder-Verwaltungskonsole verwaltet werden.
Nach der ersten Anmeldung kann der Benutzer das iFolder-Verzeichnis mit Dateien füllen und die automatische Synchronisierung beginnt. Der iFolder-Client ist stets über alle lokalen Aktivitäten informiert. Abhängig von den Einstellungen für die Synchronisierung, die durch den Benutzer oder durch Sie (den Verwalter) festgelegt wurden, fordert der iFolder-Client in regelmäßigen Abständen das Herunterladen neuer Daten vom iFolder-Server an. Nachdem die Daten vom iFolder-Server heruntergeladen wurden, werden die eventuell anfallenden Aktualisierungen aus dem lokalen iFolder-Verzeichnis auf den Server heraufgeladen. Wenn der Benutzer über einen anderen Computer auf das zugehörige Konto zugreift, lädt der iFolder-Server zunächst alle Aktualisierungen herunter, bevor die Änderungen auf den iFolder-Client heraufgeladen werden.