A fontconfig függvénytár képes a betűkészletek helyettesítésére, ha teljes betűkészletek vagy egyes karakterek hiányoznak. Ha a rendszernek egy olyan betűkészletet kell megjelenítenie, amelyik nem érhető el, akkor a fontconfig megpróbál egy másik, hasonló betűkészletet megjeleníteni. Ha például egy weboldal a Verdana betűkészletet kéri, de ez a betűkészlet nincs telepítve a rendszeren, akkor a fontconfig egy hasonló betűkészletet jelenít meg, például Helveticát. A hasonló betűkészletek listája az /etc/opt/gnome/fonts/fonts.conf fájlban van megadva.

Ha a rendszernek egy olyan karaktert kell megjelenítenie, amelyik hiányzik a betűkészletből, akkor a fontconfig megpróbálja a karaktert megjeleníteni egy másik, hasonló betűkészletből. Tegyük fel például, hogy a Bitstream Vera Sans betűkészletet választotta a Szövegszerkesztő alkalmazás. A Bitstream Vera betűkészletcsaládból hiányoznak a cirill karakterek. Ha cirill karaktert tartalmazó dokumentumot nyit meg, akkor a Szövegszerkesztő a cirilll karakterekhez egy hasonló betűkészletet fog használni, amelyben a cirill karakterek is megtalálhatók.

A fontconfig függvénytár ezenfelül másodlagos neveket is meghatároz a betűkészletekhez (például serif, sans-serif és monospace). Amikor a betűkészlet másodlagos nevét használja, akkor a rendszer az adott névhez az /etc/opt/gnome/fonts/fonts.conf fájlban megadott első betűkészletet fogja használni.