Quando un utente esegue il login, il client iFolder provvede all'autenticazione inviando il nome utente e la parola d'ordine cifrati al server iFolder mediante una connessione Internet. Il server iFolder utilizza queste informazioni per verificare se l'utente esiste, quindi controlla che l'oggetto Utente sia stato abilitato all'uso di iFolder nella console di gestione iFolder. Una volta abilitato l'oggetto Utente, è necessario creare un conto utente sul server iFolder affinché l'utente possa iniziare a utilizzare iFolder sulla propria workstation locale. Viene creato un conto la prima volta che un utente esegue il login al server iFolder con il client iFolder. Una volta creato, il conto utente può essere gestito mediante la console di gestione iFolder.
Dopo il primo login, l'utente può iniziare ad aggiungere file alla directory iFolder e viene avviata la sincronizzazione automatica. Il client iFolder è sempre al corrente di tutte le attività locali e, in base alle preferenze di sincronizzazione scelte dall'amministratore o dall'utente, richiede con regolarità al server iFolder di scaricare eventuali nuovi dati. Una volta scaricati i dati, il server iFolder carica eventuali aggiornamenti dalla directory locale iFolder. Quando l'utente accede al proprio conto da un computer diverso, il server iFolder scarica gli eventuali aggiornamenti prima di caricare le modifiche del client.