SUSE Linux Enterprise®には、ReiserFS、Ext2、Ext3、およびXFSなどの、さまざまなファイルシステムが用意されています。これらのファイルシステムは、インストール時に選択することができます。各ファイルシステムには、それぞれの長所と欠点があります。利用環境に応じて最適のファイルシステムをご利用ください。高性能のクラスタリングが必要な場合に備えて、SUSE Linux Enterprise ServerにはOCFS2 (Oracle Cluster File System 2)が付属しています。