Usuwając obiekty z drzewa eDirectory należy uważać, aby przypadkowo nie usunąć potrzebnych obiektów. Usunięte zostaną wówczas także ich własności i powiązania z innymi obiektami.
Usunięcie obiektu użytkownika powoduje usunięcie danego użytkownika z sieci. Jeśli inne obiekty odwoływały się w jakiś sposób do tego obiektu, bez niego nie będą już działać poprawnie.
Jeśli na przykład użytkownikowi o nazwie "Jan Nowak" przydzielono certyfikat licencji, jest on jedynym użytkownikiem, który ten przydział może zmienić. Przed usunięciem obiektu użytkownika "Jan Nowak" należy upewnić się, że certyfikat licencji został przekazany innemu użytkownikowi.
Usuwając grupy należy uważać, aby przypadkowo nie usunąć potrzebnych grup. Usunięte zostaną wówczas także ich własności i powiązania z innymi obiektami.
Usunięcie grupy spowoduje na przykład odebranie wszystkim należącym do niej użytkownikom praw przydzielonych na podstawie przynależności do danej grupy. W rezultacie użytkownicy, którzy jako członkowie grupy mieli dostęp do aplikacji, drukarek oraz katalogów, stracą te uprawnienia.