由於有了共享檔案的優點，就有必要控制哪些網路使用者可以存取哪些檔案，哪些網路使用者可以修改及變更其他檔案。這類存取權是透過檔案系統權限的指派方式來控制。(請注意，檔案系統權限並非物件權限，後者是控制哪些使用者可以管理 eDirectory 物件)。
應用程式 (或包含應用程式的目錄) 的權限必須讓使用者可以存取該應用程式，還要保護應用程式不會被破壞。
如何指派檔案與目錄保全性，將會決定各個使用者可以存取的內容及存取層級。管理員擁有「監督者」權限，表示管理員擁有全部權限，可以將目錄與檔案權限授予其他使用者。
檔案系統有兩種權限：
「目錄」權限 控制使用者可以對目錄及目錄內的檔案做什麼。這類權限可以使用 NEAT 來指派。
「檔案」權限 控制使用者可以對個別檔案做什麼。例如，您可以指派使用者有權更名特定的檔案，但對同一目錄中的所有其他檔案則沒有更名權限。如果必須控制一或多個個別檔案的權限，請使用 ConsoleOneTM。