SUSE Linux Enterprise® 隨附多種檔案系統，包括 ReiserFS、Ext2、Ext3 與 XFS，您可在安裝時選取。各種檔案系統均有其優缺點，可適用於不同情況。 專業高效能安裝可能需要選擇與家用使用者安裝不同的檔案系統。