Lorsqu'un utilisateur se logue, le client iFolder s'authentifie auprès du serveur iFolder en lui envoyant les nom d'utilisateur et mot de passe codés via une connexion Internet. Le serveur iFolder utilise ces informations pour vérifier que l'utilisateur existe réellement, puis s'assure que l'objet Utilisateur correspondant a été activé en vue de l'utilisation de iFolder via la console de gestion iFolder. Une fois l'objet Utilisateur activé, un compte utilisateur doit être créé sur le serveur iFolder afin que l'utilisateur puisse commencer à utiliser iFolder sur son poste de travail local. Un tel compte est créé lorsque l'utilisateur se logue pour la première fois au serveur iFolder via le client iFolder. Une fois ce compte créé, il est possible de le gérer via la console de gestion iFolder.
Après le premier login, l'utilisateur peut ajouter des fichiers à son répertoire iFolder et la synchronisation automatique démarre. Le client iFolder est toujours averti de toute activité locale et, selon les préférences de synchronisation choisies par vous ou l'utilisateur, il interroge régulièrement le serveur iFolder pour télécharger les nouvelles données. Dès que le serveur iFolder a téléchargé ces données vers le client, il télécharge toutes les mises à jour à partir du répertoire iFolder local. Lorsque l'utilisateur accède à son compte via un autre ordinateur, le serveur iFolder transmet d'abord toutes les mises à jour avant de télécharger les modifications du client iFolder.