Ikke bland sammen disse to språkene. Java er et objektorientert plattformuavhengig programmeringsspråk fra Sun Microsystems. Det brukes ofte til små programmer (applets) som kan kjøres over Internett, for ting som nettbaserte banktjenester, chatting og handling. JavaScript er et tolket skriptspråk som normalt benyttes til å strukturere nettsider dynamisk, f.eks. ved hjelp av menyen eller andre effekter.
Konqueror gir deg muligheten til å aktivere eller deaktivere disse språkene. Dette kan til og med gjøres på domenenivå, slik at du kan tillate tilgang for enkelte verter (domener) og blokkere andre. Java og JavaScript deaktiveres ofte av sikkerhetshensyn. Dessverre trenger enkelte nettsider JavaScript for å kunne fungere korrekt.