Förväxla inte dessa två språk. Java är ett objektorienterat, plattformsoberoende programmeringsspråk från Sun Microsystems. Java används ofta för små program (miniprogram eller appletar) som körs över Internet för sådant som onlinebanker, chattjänster och e-handel. JavaScript är ett tolkat skriptspråk som huvudsakligen används för dynamisk strukturering av webbsidor, till exempel för menyer och andra effekter.
Du kan aktivera eller inaktivera dessa två språk i Konqueror. Detta kan till och med göras baserat på domän, vilket betyder att du kan välja att bevilja åtkomst för vissa värdar men inte för andra. Java och JavaScript är ofta inaktiverade av säkerhetsskäl. Vissa webbsidor kräver dessvärre JavaScript för att visas korrekt.