Beim Hinzufügen eines POP3-Kontos können Sie einen bestehenden Ordner (z. B. Ihren Mailbox-Ordner) mit dem Konto verknüpfen oder einen neuen Ordner erstellen. Wenn Sie E-Mail von Ihrem POP3-Konto auf GroupWise herunterladen, wird diese in der Regel vom POP3-Server gelöscht. Sie können festlegen, dass die Nachrichten Ihres POP3-Kontos auf dem POP3-Server gespeichert werden. In diesem Fall können Sie die Nachrichten von mehreren Computern abrufen.
Wenn Sie ein IMAP4-Konto hinzufügen, wird in GroupWise ein Ordner angezeigt, der den Ordner auf Ihrem IMAP4-Server repräsentiert. Die Nachrichten Ihres IMAP4-Kontos werden immer auf dem IMAP4-Server gespeichert. Alle Aktionen, die Sie im GroupWise-Ordner vornehmen, beispielsweise Erstellen oder Löschen von Nachrichten, werden auch auf dem IMAP4-Server durchgeführt. Das Ihre Nachrichten immer auf dem IMAP4-Server gespeichert werden, können Sie sie von mehr als einem Computer aus lesen.
Für IMAP4-Ordner wird die Suchfunktion nicht unterstützt. Für IMAP4-Ordner wird die Vertretungsfunktion unterstützt.