Az MBR struktúráját egy operációsrendszer-független egyezmény határozza meg. Az első 446 bájt a programkód számára van lefoglalva. Ezek jellemzően a rendszertöltő, vagy egy operációsrendszer-választó programot tartalmazzák. A következő 64 bájt a maximum négy bejegyzéssel rendelkező partíciótáblának biztosít területet (8.5.5.1. szakasz - Partíciótípusok). A partíciótábla a merevlemez és a fájlrendszertípus particionálásával kapcsolatos adatokat tartalmazza. Az operációs rendszernek erre a táblázatra a merevlemez kezeléséhez van szüksége. Az MBR-ben hagyományos, általános kód található, és a partíciók közül pontosan egyet szabad és kell aktívnak megjelölni. Az MBR utolsó két bájtjának tartalmaznia kell egy statikus „mágikus számot” (AA55). Ha az MBR más értéket tartalmaz, akkor bizonyos BIOS-ok érvénytelennek tekintik, és nem hajlandók rendszerindításhoz használni.

A rendszerindító szektorok a merevlemez-partíciók első szektorai a kiterjesztett partíciók kivételével, amely más partíciók „tárolójaként” működik. Ezek a rendszerindító szektorok 512 bájt területet biztosítanak a megfelelő partíción telepített operációs rendszer indításához használt kódhoz. Ez a formázott DOS, Windows és OS/2 partíciók rendszerindító szektoraira érvényes, amelyek a fájlrendszer néhány fontos alapadatát tartalmazzák. Ezzel szemben a Linux-partíciók rendszerindító szektorai a fájlrendszer beállítása után kezdetben üresek (kivéve az XFS fájlrendszert). Éppen ezért egy Linux-partíció magától nem indítható el abban az esetben sem, ha egy kernelt és egy érvényes root fájlrendszert tartalmaz. A rendszer indítására szolgáló érvényes kóddal rendelkező rendszerindító-szektor ugyanazzal a mágikus számmal rendelkezik, mint az MBR az utolsó két bájtban (AA55).