I problemi riportati di seguito sono relativi ai sistemi operativi server Windows 2000.
Quando si installa il servizio di installazione remota sul server Windows 2000, viene installato anche il servizio SIS (Single Instance Store, Archiviazione istanza singola). Il driver del servizio SIS (sis.sys) entra in conflitto con il driver filtro del client iFolder (niffltr.sys). Se non si disinstalla uno dei due programmi, le workstation degli utenti non eseguiranno il riavvio durante l'installazione del client iFolder e verrą visualizzato un messaggio di errore per indicare un conflitto tra i due driver.