Lista folderów znajdująca się po lewej stronie głównego okna umożliwia organizowanie przesyłek programu GroupWise przez tworzenie folderów służących do ich przechowywania. Obok każdego folderu (z wyjątkiem folderów współużytkowanych) w nawiasach kwadratowych podana jest liczba nieprzeczytanych elementów. Natomiast liczba obok folderu przesyłek wysłanych w trybie buforowania informuje o liczbie przesyłek oczekujących na wysłanie.
Nagłówek listy folderów zawiera selektor trybu umożliwiający przełączanie między trybem online i trybem buforowania. Niektóre foldery są domyślnie dostępne. Dodatkowe foldery są tworzone wraz z korzystaniem przez użytkownika z dodatkowych funkcji programu GroupWise.