Можно ли восстановить файлы, если пользователь удалил их из своего локального каталога iFolder?

Да. Однако для этого Вам потребуется восстановить каталог iFolder этого пользователя с резервной копии на другой сервер iFolder. См. Восстановление удаленных или поврежденных файлов .