Cuando se añade una cuenta POP3, es posible asociar una carpeta existente (por ejemplo, la carpeta Buzón) a la cuenta o crear una carpeta nueva. Cuando se descarga correo electrónico de una cuenta POP3 a GroupWise, se suele suprimir del servidor POP3. Puede elegir almacenar los elementos de cuenta POP3 en el servidor POP3. Si almacena los elementos en el servidor, podrá leerlos desde varios computadores.
Cuando se añade una cuenta IMAP4, la carpeta que aparece en GroupWise representa la carpeta del servidor IMAP4. Los elementos de cuenta IMAP4 siempre se almacenan en el servidor IMAP4. Cualquier acción que se realice en la carpeta de GroupWise, como crear o suprimir, se efectúa también en el servidor IMAP4. Dado que los elementos siempre se almacenan en el servidor IMAP4, se pueden leer desde más de un equipo.
Las funciones Buscar y Apoderado no se admiten en las carpetas IMAP4.