A fájlrendszer belső adatstruktúrája, amely biztosítja az adatok megfelelő szervezését és elérését a lemezen. Ezek alapvetően „adatokról szóló adatok”. Szinte minden fájlrendszernek saját metaadat-szerkezete van, ami szerepet játszik abban, hogy a fájlrendszerek eltérő teljesítményjellemzőkkel rendelkeznek. Nagyon fontos, hogy a metaadatok ne sérüljenek, mivel ellenkező esetben a fájlrendszerben tárolt adatok elérhetetlenné válhatnak.

Az inode-ok az egyes fájlokkal kapcsolatos információt tartalmazzák: a méretet, a láncok számát, a mutatókat azon lemezblokkokra, amelyek a fájltartalmat ténylegesen tárolják, valamint a létrehozás, módosítás és hozzáférés dátumát és idejét.

A fájlrendszerekkel kapcsolatban naplónak nevezzük azt a belső struktúrát a lemezen, amelyben a fájlrendszer tárolja a fájlrendszer metaadatainak módosításait. A naplózás (journaling) lényegesen csökkenti a Linux-rendszer összeomlását követő helyreállás idejét, mivel feleslegessé teszi a korábbi hosszú keresési folyamatot, amely a rendszerindításnál végigvizsgálta a teljes fájlrendszert. Ehelyett csak a naplóban rögzített események kerülnek újra végrehajtásra.